Thank you for sending your enquiry! One of our team members will contact you shortly.
Thank you for sending your booking! One of our team members will contact you shortly.
Návrh Školení
I. Úvod a přípravná utkání
1. Přehled
- Učinit R přátelštější, R a dostupná GUI
- Rstudio
- Související software a dokumentace
- R a statistika
- Interaktivní používání R
- Úvodní sezení
- Získání nápovědy s funkcemi a vlastnostmi
- R příkazy, rozlišování malých a velkých písmen atd.
- Vyvolání a oprava předchozích příkazů
- Provádění příkazů ze souboru nebo přesměrování výstupu do souboru
- Stálost dat a odstraňování objektů
- Goodborná praxe programování: Samostatné skripty, dobrá čitelnost např. strukturované skripty, dokumentace, markdown
- instalace balíčků; CRAN a Biovodič
2. Čtení dat
- Soubory txt (read.delim)
- CSV soubory
3. Jednoduché manipulace; čísla a vektory + pole
- Vektory a zadání
- Vektorová aritmetika
- Generování pravidelných sekvencí
- Logické vektory
- Chybějící hodnoty
- Znakové vektory
- Indexové vektory; výběr a úprava podmnožin datové sady
- Pole
- Indexování pole. Podsekce pole
- Indexové matice
- Funkce pole() + jednoduché operace s poli např. násobení, transpozice
- Jiné typy objektů
4. Seznamy a datové rámce
- Seznamy
- Vytváření a úpravy seznamů
- Zřetězení seznamů
- Datové rámce
- Vytváření datových rámců
- Práce s datovými rámci
- Připojování libovolných seznamů
- Správa vyhledávací cesty
5. Manipulace s daty
- Výběr, podmnožiny pozorování a proměnných
- Filtrování, seskupování
- Překódování, transformace
- Agregace, kombinování datových souborů
- Vytváření rozdělených matic, cbind() a rbind()
- Funkce zřetězení, (), s poli
- Manipulace se znaky, balíček stringr
- krátký úvod do grep a regexpr
6. Více o Čtení dat
- Soubory XLS, XLSX
- balíčky readr a readxl
- SPSS, SAS, Stata,… a další formáty dat
- Export dat do txt, csv a dalších formátů
6. Seskupování, smyčky a podmíněné provádění
- Seskupené výrazy
- Kontrolní výkazy
- Podmíněné provedení: příkazy if
- Opakované provádění: pro smyčky, opakování a při
- intro do aplikovat, lapply, saapply, tapply
7. Funkce
- Vytváření funkcí
- Volitelné argumenty a výchozí hodnoty
- Variabilní počet argumentů
- Rozsah a jeho důsledky
8. Jednoduchá grafika v R
- Vytvoření grafu
- Grafy hustoty
- Dot Plots
- Barové pozemky
- Spojnicové grafy
- Koláčové grafy
- Boxplots
- Rozptylové pozemky
- Kombinace pozemků
II. Statistická analýza v R
1. Rozdělení pravděpodobnosti
- R jako soubor statistických tabulek
- Zkoumání distribuce množiny dat
2. Testování hypotéz
- Testy o populačním průměru
- Test poměru pravděpodobnosti
- Jedno- a dvouvýběrové testy
- Chí-kvadrát GoTest neshody
- Jednovzorová statistika Kolmogorov-Smirnov
- Wilcoxon Signed-Rank Test
- Test se dvěma vzorky
- Wilcoxonův test hodnosti součtu
- Mann-Whitney test
- Kolmogorov-Smirnovův test
3. Vícenásobné testování hypotéz
- Chyba typu I a FDR
- ROC křivky a AUC
- Více testovacích postupů (BH, Bonferroni atd.)
4. Lineární regresní modely
- Obecné funkce pro extrakci informací o modelu
- Aktualizace osazených modelů
- Zobecněné lineární modely
- Rodiny
- Funkce glm().
- Klasifikace
- Logistická regrese
- Lineární diskriminační analýza
- Učení bez dozoru
- Analýza hlavních komponent
- Metody shlukování (k-průměry, hierarchické shlukování, k-medoidy)
5. Analýza přežití (balíček přežití)
- Předměty přežití v r
- Kaplan-Meierův odhad, log-rank test, parametrická regrese
- Pásy sebevědomí
- Cenzurovaná (intervalová cenzurovaná) analýza dat
- Coxovy PH modely, konstantní kovariáty
- Coxovy PH modely, časově závislé kovariáty
- Simulace: Porovnání modelů (Porovnání regresních modelů)
6. Analýza rozptylu
- Jednosměrná ANOVA
- Dvoucestná klasifikace ANOVA
- MANOVA
III. Zpracované problémy v bioinformatice
- Krátký úvod k balíčku limma
- Pracovní postup analýzy dat Microarray
- Stažení dat z GEO: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE1397
- Zpracování dat (QC, normalizace, diferenciální vyjádření)
- Zápletka sopky
- Custering příklady + heatmaps
28 hodiny
Reference (5)
how the trainor shows his knowledge in the subject he's teachign
john ernesto ii fernandez - Philippine AXA Life Insurance Corporation
Kurz - Data Vault: Building a Scalable Data Warehouse
Very useful in because it helps me understand what we can do with the data in our context. It will also help me
Nicolas NEMORIN - Adecco Groupe France
Kurz - KNIME Analytics Platform for BI
I genuinely enjoyed the hands passed exercises.
Yunfa Zhu - Environmental and Climate Change Canada
Kurz - Foundation R
The pace was just right and the relaxed atmosphere made candidates feel at ease to ask questions.
Rhian Hughes - Public Health Wales NHS Trust
Kurz - Introduction to Data Visualization with Tidyverse and R
Richard's training style kept it interesting, the real world examples used helped to drive the concepts home.
